quinta-feira, fevereiro 04, 2016

“DNA Lixo”: o software que controla organismos complexos

Lixo? Que nada! A ideia foi pro lixo
Há muito tempo o ser humano tem buscado desvendar e compreender o genoma humano. Em 1990, o Projeto Genoma Humano foi lançado e deu início a um marco na história da ciência.[1] Em 2000, ano em que foi divulgada uma prévia do mapeamento completo, houve um frenezi na comunidade científica que acreditava ter posto um fim ao mistério do mundo molecular. Logo os cientistas perceberam que ainda estavam longe de alcançar o objetivo inicialmente proposto. O DNA (deoxyribonucleic acid) ainda continuava um enigma a ser desvendado. Atualmente, estima-se que o genoma humano possua aproximadamente 3,2 bilhões de pares de bases de DNA, entretanto, desde 1972 – ano em que Susumu Ohno cunhou o termo “DNA lixo” –, acredita-se que apenas cerca de 2% das sequências de DNA representariam a suposta região funcional (éxons), ou seja, genes que codificam e regulam a produção de proteínas.[2-4] Por sua vez,  cerca de 98% das sequências de DNA têm sido consideradas “não codificantes”, a suposta região “não funcional” rotulada como “DNA lixo”. Entretanto, essa vasta região tem sido alvo de muita controvérsia.[5]

O biólogo evolucionista Jerry Coyne considera que grande parte de nosso DNA é parasitária. Ele escreveu em Why Evolution Is True: “Quando uma característica não é mais usada, ou se torna reduzida, os genes que fazem isso não desaparecem instantaneamente do genoma: a evolução para a ação delas, inativando-as, não as removendo do DNA. Disso nós podemos fazer uma predição. Esperamos encontrar, nos genomas de muitas espécies, genes silenciados, ou ‘mortos’; genes que foram úteis uma vez, mas não estão mais intactos ou expressos. Em outras palavras, deve haver genes vestigiais. Ao contrário, a ideia de que todas as espécies foram criadas do zero prediz que tais genes não existiriam. [...] Nosso genoma e os de outras espécies são verdadeiramente cemitérios bem preenchidos de genes mortos.”[6: p. 66, 67]

Portanto, a existência de grandes quantidades de DNA não codificante no genoma de eucariotos tem sido usada como um argumento contra o design inteligente (e o papel de um designer) e como um argumento para o processo aleatório da evolução. Como pode ser visto, foram formuladas hipóteses evolucionistas na tentativa de explicar a razão para a existência de DNA não codificante. Dentre elas, a principal hipótese afirma que o DNA não codificante seria um suposto “lixo” que consistiria de sequências produzidas ao acaso que teriam perdido sua capacidade de codificação ou genes parcialmente duplicados que seriam não funcionais. Porém, em 1999, um estudo examinou os genomas dos organismos fotossintéticos unicelulares conhecidos como Cryptomonas.[7] Esses organismos apresentaram ampla variedade de tamanhos celulares diferentes, com o núcleo sendo proporcional ao tamanho da célula. 

Os autores desse estudo descobriram que a quantidade de DNA não codificante era proporcional ao tamanho do núcleo, o que sugere que mais DNA não codificante foi necessário em núcleos maiores. Além disso, o nucleomorfo, um pequeno pedaço de DNA contido no interior do plastídio (organela celular de plantas ou algas) que codifica para si próprio e possui função fotossintética, não foi alterado em tamanho, apesar das mudanças no tamanho das células e no conteúdo nuclear. Esses resultados contrariam diretamente as hipóteses evolucionistas. De acordo com os autores, “a atual falta de quantidades significativas de DNA não codificante no nucleomorfo confirma que a seleção pode facilmente eliminar DNA nuclear sem função, refutando as hipóteses ‘lixo’ e ‘egoísta’ do DNA não codificante”.[7: p. 2.053]

Atualmente, o dogma central da biologia molecular também teve que ser revisto. Isso porque já se sabe que a direção unilateral “DNA que é copiado em RNA que codifica proteínas” não é a única via existente para gerar informações cruciais para o desenvolvimento e a manutenção do corpo. Existem diversos tipos de RNAs, e cada um deles exerce distintas funções (até mesmo a de codificar DNA, no caminho inverso do que se imaginava). Em 2003, a fim de identificar os elementos funcionais nas sequências do genoma humano, surgiu o Projeto Internacional ENCODE, um consórcio formado por cientistas distribuídos por 32 laboratórios nos Estados Unidos, na Grã-Bretanha, no Japão, em Cingapura e na Espanha.[8]

Em 2012, os resultados dessa pesquisa abalaram as estruturas da biologia evolutiva.[9] No artigo assinado por todos os líderes do projeto e publicado na revista Science, foi comunicado ao mundo que ao menos 80,4% do genoma humano apresenta funções bioquímicas importantes (ocorre transcrição). Isso inclui 863 pseudogenes que são “transcritos e associados com cromatina ativa” (desconstruindo o argumento vestigial de Jerry Coyne). O biólogo John Mattick da Universidade de Queensland (Austrália) destacou que o ex-DNA lixo “tem um papel regulatório tão importante que pode ser comparado a um software que controla todo o sistema dos organismos complexos.”[10] Além disso, um dos líderes do projeto, Dra. Elizabeth Pennisi, afirmou que todos os livros didáticos estavam errados.[11, 12] Fato é que os resultados do ENCODE foram recebidos negativamente por biólogos evolutivos. Estava declarada a guerra, uma vez que a crença neodarwinista relativa aos vestígios evolutivos do DNA estava sendo posta em xeque.[12-15]

Mas qual seria exatamente o problema em se descobrir que a maior parte do genoma é funcional? Parece que a discussão toda é motivada justamente devido ao uso de uma definição mais abrangente do termo “função” por parte do ENCODE. Para os evolucionistas (neodarwinistas), a funcionalidade deve ser atribuída apenas a uma região “conservada” – isto é, sequência semelhante em comparação com os genomas de outros mamíferos − pela seleção “purificadora”, e que não pode estar sujeita a mutações deletérias.[12, 16] Em outras palavras, isso significaria que apenas cerca de 10% do nosso genoma está sob seleção de preservar a sequência de DNA.

Em 2014, esse mesmo argumento foi utilizado em uma pesquisa na tentativa de contrariar os resultados do projeto ENCODE.[17] Os resultados indicaram que apenas 8,2% do DNA humano teria um papel importante; o restante (91,8%) poderia ser considerado “DNA lixo”. Mas há um problema gritante com esse pensamento: ele assume que todas as sequências de DNA são o resultado de mutação sem direção e seleção para começar, e que função biológica só vem de seleção natural.[18] Jogue fora a hipótese de uma origem evolutiva das espécies e não haverá nenhuma razão para acreditar que só DNA conservado pode ser funcional. Afinal de contas, um agente inteligente poderia projetar de forma independente elementos genéticos funcionais, com sequências de DNA amplamente divergentes nos genomas de diferentes espécies; assim, nenhuma “conservação” seria necessária.

Diante disso, pesquisadores têm percebido que toda essa resistência aos resultados do ENCODE é causada por sua incompatibilidade em relação ao paradigma tradicional neodarwinista (Síntese Moderna).[19] Isso porque essa teoria defende que supostas mutações benéficas se acumulariam ao ponto de gerar alguma função – como, por exemplo, um gene que produz uma proteína responsável por um fenótipo –, e que seria conservada pela seleção natural. Mas, para gerar um só gene operante, muitas tentativas falhas ocorreriam, gerando e acumulando um monte de lixo.

O apego por parte de cientistas às suas antigas crenças evidencia o dogmatismo real e presente na comunidade científica que supera até mesmo o respeito ao progresso da ciência. Posso citar alguns exemplos para que fique evidente a doutrinação acadêmica existente por parte de cientistas evolucionistas quando contrariados pelos dados. O biólogo molecular Dr. Ford Doolittle, por exemplo, disse: “Eu vou sugerir que nós, como biólogos, defendamos a concepção tradicional de função: a publicidade ao redor do ENCODE revela a extensão do quanto essa concepção tem erodido.”[13: p. 5.294] Por sua vez, o geneticista brasileiro Marcelo Nóbrega, da Universidade de Chicago (EUA), afirmou: “Ninguém acredita que 85% do genoma é funcional. Há duas razões para que isso tenha se espalhado. A mais importante foi a irresponsabilidade dos membros do ENCODE ao divulgarem os resultados.”[20]

Para o biólogo Dr. Dan Graur, o ENCODE não oferece razões suficientes para “abandonar a compreensão prevalente entre biólogos evolutivos segundo a qual a maior parte do genoma humano é desprovida de função”.[12: p. 587] Mas o pensamento anticientífico não para por aí, vai além e sugere “que a maior parte do ‘DNA lixo’ nunca irá adquirir uma função”.[21: p. 154] Essa é uma sugestão bem audaciosa! Praticamente uma previsão do futuro. Até mesmo pelas redes sociais os neodarwinistas expressaram sua rejeição ao ENCODE [15, 22]. Ainda bem que diversos outros cientistas intelectualmente honestos não compactuam com essa ideia.[5, 16, 23, 24] Aliás, quando os cientistas optam por olhar para a função na pilha de “lixo”, eles geralmente a encontram;[25] e o ENCODE tem motivado essa busca.

Porém, imagine o que seria da ciência se a maior parte da comunidade científica se utilizasse dessa mesma suposição neodarwinista! Acredito que ocorreria o mesmo que tem acontecido durante o último século devido à crença (ainda hoje presente nos livros didáticos) representada pelos conceitos equivocados de eugenia e darwinismo social, órgãos vestigiais e “bad design”. Foi muito dinheiro gasto com pesquisas inúteis, deixando de lado as investigações sérias em regiões moleculares importantes que trariam grandes benefícios para as áreas biomédicas.

Atualmente, o mundo do ex-DNA lixo representa um mar ainda pouco explorado. Os íntrons apresentam relações muito importantes. Devido ao fato de os íntrons não estarem relacionados com a síntese de proteínas de forma direta, muitos grupos de cientistas optaram por descartar de suas análises as regiões intrônicas. Por outro lado, já se sabe que os íntrons participam da síntese de grande quantidade de RNA para diversas outras funções além da síntese protéica.

É inegável que a teoria da evolução tenha causado diversos danos à ciência. Essa é uma das principais razões pela qual nos manifestamos contra essa teoria falida. Contudo, Mattick e Dinger[5] apontam outro motivo pelo qual ainda há resistência em abandonar o conceito de “DNA lixo”: por pura obstinação e rejeição do movimento do design inteligente. Certamente isso contribui para que seja minimizada a possibilidade de pesquisas baseadas em design.

Mas vale lembrar que já em 1998 teóricos do design inteligente se opunham ao consenso da academia científica sobre o “DNA lixo”. O filósofo da biologia Dr. William Dembski fez a seguinte predição positiva sobre os dados científicos: “Do ponto de vista evolucionário, esperamos bastante DNA inútil. Se, por outro lado, os organismos são intencionalmente planejados, esperamos que o DNA, tanto quanto possível, exiba função. E, na verdade, as mais recentes descobertas sugerem que designar o DNA como ‘lixo’ meramente dissimula nosso conhecimento atual sobre função.”[26] Portanto, está aí a prova convincente de qual das duas teorias consegue fazer predições confiáveis baseadas unicamente nos dados científicos.

(Everton Alves)

Referências:
[1] National Human Genome Research Institute. The Human Genome Project Completion: Frequently Asked Questions. Disponível em: https://www.genome.gov/11006943
[2] Ohno S. “So much ‘junk’ DNA in our genome.” Brookhaven Symposia in Biology 1972; 23(1972):366-70.
[4] International Human Genome Sequencing Consortium. Finishing the euchromatic sequence of the human genome. Nature. 2004 Oct 21;431(7011):931-45.
[5] Mattick JS, Dinger ME. “The extent of functionality in the human genome.” The HUGO Journal 2013; 7:2. Disponível em: http://www.thehugojournal.com/content/7/1/2
[6] Coyne JA. Why Evolution Is True. New York: Viking, 2009, p. 66-67.
[7] Beaton MJ, Cavalier-Smith T. “Eukaryotic non-coding DNA is functional: evidence from the differential scaling of cryptomonad genomes.” Proc Biol Sci. 1999 Oct 22; 266(1433): 2053–2059.
[8] ENCODE Project Consortium. The ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) Project. Science. 2004 Oct 22;306(5696):636-40.
[9] ENCODE Project Consortium. “An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome.” Nature. 2012 Sep 6;489(7414):57-74.
[10] Entrevista concedida por John Mattick. “Motor da evolução.” [set. 2010]. Entrevistador: Fábio de Castro. Agência FAPESP, 2010. Disponível em: http://agencia.fapesp.br/motor_da_evolucao/12804/
[11] Pennisi E. “ENCODE project writes eulogy for junk DNA.” Science. 2012 Sep 7;337(6099):1159, 1161.
[12] Graur D, Zheng Y, Price N, Azevedo RB, Zufall RA, Elhaik E. “On the immortality of television sets: ‘function’ in the human genome according to the evolution-free gospel of ENCODE.” Genome Biol Evol. 2013;5(3):578-90.
[13] Doolittle WF. “Is junk DNA bunk? A critique of ENCODE.” Proc Natl Acad Sci USA. 2013 Apr 2;110(14):5294-300.
[14] Bhattacharjee Y. “The Vigilante.” Science. 2014; 343(6177):1306-1309.
[15] Social Selection. “ENCODE debate revived online”, Nature. 2014; 509:137. Disponível em: http://www.nature.com/nature/journal/v509/n7499/full/509137e.html
[16] Kellis M, Wold B, Snyder MP, Bernstein BE, Kundaje A, Marinov GK, Ward LD, Birney E, Crawford GE, Dekker J, Dunham I, Elnitski LL, Farnham PJ, Feingold EA, Gerstein M, Giddings MC, Gilbert DM, Gingeras TR, Green ED, Guigo R, Hubbard T, Kent J, Lieb JD, Myers RM, Pazin MJ, Ren B, Stamatoyannopoulos JA, Weng Z, White KP, Hardison RC. “Defining functional DNA elements in the human genome.” Proc Natl Acad Sci USA. 2014 Apr 29;111(17):6131-8.
[17] Rands CM, Meader S, Ponting CP, Lunter G. “8.2% of the Human genome is constrained: variation in rates of turnover across functional element classes in the human lineage.” PLoS Genet. 2014 Jul 24;10(7):e1004525.
[18] Luskin C. “ENCODE Critics: Evolution Proves Our Genome Is Junky... Which Proves Evolution.” [Jul. 2015]. Junk DNA News. Evolution News and Views, 2015. Disponível em: http://www.evolutionnews.org/2015/07/the_encode_embr_2097581.html
[19] Livnat A. “Interaction-based evolution: how natural selection and nonrandom mutation work together.” Biol Direct. 2013 Oct 18;8:24.
[20] Entrevista concedida por Marcelo Nóbrega. “O enigma da cebola.” [out. 2014]. Entrevistador: Reinaldo José Lopes. Blog Darwin e Deus. Folha de S. Paulo, 2014. Disponível em: http://darwinedeus.blogfolha.uol.com.br/2014/10/28/o-enigma-da-cebola/
[21] Garrido-Ramos MA. “Satellite DNA in Plants: More than Just Rubbish.” Cytogenet Genome Res. 2015;146(2):153-70.
[22] Woolston C. Furore over genome function. Nature. 2014; 512(7512):9. Disponível em: http://www.nature.com/nature/journal/v512/n7512/full/512009e.html
[23] Spitale RC, Tsai MC, Chang HY. “RNA templating the epigenome: long noncoding RNAs as molecular scaffolds.” Epigenetics. 2011 May;6(5):539-43.
[24] Stamatoyannopoulos JA. “What does our genome encode?” Genome Res. 2012 Sep; 22(9):1602–1611.
[25] Matkovich SJ, Edwards JR, Grossenheider TC, de Guzman Strong C, Dorn GW 2nd. “Epigenetic coordination of embryonic heart transcription by dynamically regulated long noncoding RNAs.” Proc Natl Acad Sci USA. 2014 Aug 19;111(33):12264-9.
[26] Dembski WA. “Intelligent Science and Design.” First Things. 1998; 86:21-27. Disponível em: http://www.firstthings.com/article/1998/10/001-science-and-design